Si l'ennemi/antigène passe malgré tout le premier niveau de protection, des défenses spécifiques se mettent alors en place. Elles sont dites spécifiques parce que les cellules immunitaires sont capables de reconnaître chaque antigène spécifique et le neutraliser en fonction de sa spécificité. Il y a deux types de défenses spécifiques : l'immunité humorale et l'immunité à médiation cellulaire.
La mise en place de ces deux types de défense, l'organisation du "combat", peut prendre quelques jours (période de latence).