L'hypothalamus, qui fait partie du système nerveux central règle le déroulement de la puberté, contrôle le cycle menstruel et stimule les testicules. C'est le système nerveux autonome qui dirige l'érection du pénis et l'éjaculation, ainsi que l'érection du clitoris.
Le système nerveux reçoit du système génital
L'hormone sexuelle testostérone intervient dans la masculinisation du cerveau. Elle intervient aussi dans la libido et l'agressivité.