Chez la femme comme chez l'homme, si les organes génitaux sont présents dès la naissance, ce n'est qu'à la puberté qu'ils sont "opérationnels" pour assurer la reproduction.
Chez l'être humain, comme chez tous les mammifères, la reproduction est sexuée, elle implique donc la rencontre du sexe mâle et du sexe femelle.
Le système génital se différencie aussi des autres systèmes du corps humain par le fait que les organes génitaux des hommes ne sont pas les mêmes que ceux des femmes, alors que les organes des autres systèmes le sont. On sépare donc le système génital humain en système génital féminin et système génital masculin.