Nous possédons deux amygdales (*), une pour chaque hémisphère, situées tout près de l'hippocampe, dans la partie antérieure du lobe temporal. L'amygdale est une structure du cerveau essentielle au décodage des émotions, particulièrement les stimuli menaçants pour l'organisme. On peut ainsi dire que l'amygdale est un déclencheur de certaines réactions comme la peur et la colère. L'amygdale est en fait sensible aux informations ayant une importance pour notre survie, signalant un danger, mais aussi la présence de nourriture, de partenaires sexuels, de rivaux, etc. L'amygdale possède de très nombreuses connexions nerveuses avec plusieurs autres structures du cerveau et condense ainsi toute une série d'informations. Cela nous permet de réagir presque immédiatement à la présence d'un danger.
(*) A ne pas confondre avec les amygdales qui entourent le pharynx et jouent un rôle dans le système immunitaire.